通州境域，初为长江口海域中几块相邻的沙洲，南北朝中期出水。南北朝后有人定居，煮盐为业。唐为盐亭场，设防务机构。唐末沙洲涨接大陆后，即凿河运盐，开通至杨州的航道，并筑坝圩、培土壤、植麦黍，逐步改变单一从事盐业生产的局面。五代初称静海镇。后周显德五年（958年）建通州，因东北有大海通辽海诸夷、西南有长江连吴越楚蜀、内运渠道达齐鲁燕冀，故而得名。静海镇改称县，隶属通州。 宋仁宗天圣元年（1023年）改通州为崇州，又名崇川并隐，属淮南东路；明道二年（1033年）仍称通州；徽宗政和七年（1117年）改为静海郡，不久复名通州，属扬州。元世祖至元十五年（1278年）升为通州路；至元二十一年（1284年）复为通州，属扬州路，隶江北淮东道廉访司。
明洪武元年（1368年）废静海县，通州直管静海本土，领海门、崇明两县，属扬州府；洪武九年（1376年）划崇明县归苏州府，通州仅领海门一县。嘉靖年间（1522～1566年），通州除州城外，分6乡6场。清顺治二年（1645年）属江南省扬州府；康熙六年（1667年）起属江苏省扬州府；康熙十一年，因江岸坍没，海门废县为乡，并入通州。
清雍正二年（1724年），升为直隶州；宣统元年（1909年），设定3市区、10镇区、8乡区；宣统二年（1910年），市区、镇区改为市，乡区改为乡。
中华民国元年（1912年）5月，废州，改称南通县，属江苏省；全县仍设13市、8乡，民国9年（1920年）增设三余乡。民国18年（1929年），市乡合并为18个区，区下设镇、乡、闾、邻；民国23年（1934年）又并为13个区，区下设镇、乡、保、甲。
1949年2月2日，南通县全境解放，原县城及港闸等地划绝瞎厅出另置南通市，实行城乡分治。南通县政府移驻金沙镇，隶属南通行政公署管辖。同年10月，全县设12个区159个乡。1956年2月和1957年10月两次并区并乡后，全县为8个区47个乡和3个县属镇、2个区属镇。1958年3月，撤销区建制，设通海、通中、通东、通北、通西5个片。1958年成立38个人民公社，实行政社合一，公社下设大队，大队下设生产队；后公社范围逐步调小，至1982年全县有61个公社、5个县属镇。1992年末，全县为17个镇、32个乡、1个海洋渔港管理委员会、36个居民委员会、884个村。
1993年2月，南通县撤销改设通州市。
2009年7月2日，撤销通州市，设立南通市通州区。
2015年3月24日，省政府（苏政复[2015]22号）批复同意调整南通市通州区部分行政区划：撤销金沙镇、先锋镇、兴东镇，设立金沙街道、先锋街道、金新街道、兴东街道；撤销平潮镇、平东镇，设立新的平潮镇；撤销十总镇、骑岸镇，设立新的十总镇；撤销东社镇、五甲镇，设立新的东社镇；撤销兴仁镇、四安镇，设立新的兴仁镇（并将原四安镇九总渡、龙坝2个村委会划归西亭镇神乎管辖）。