故事最后，两人在塔顶相遇，A2向9S说出真相。2B的真实型号是寄叶部队“2E”，每当9S发现人类和寄叶部队的真相时就要处决他。2B感到很痛苦，希望通过A2帮助9S。9S感染逻辑病毒陷入疯狂，欲与A2决一死战。之后玩家选择要控制的角色。

在第三个结局中，如果玩家选择A2，9S被击败后，A2清除他的逻辑病毒，然后牺牲自己摧毁塔，辅助机042带9S离开。第四个结局中，如果玩家选择9S，两人会互相杀死对方，在9S奄奄一息时，机械的人工智能告诉他由于机械生物的进化，塔已经改变了功能，不再发射导弹，而是发射一架包含精英机种的方舟——包括仍然活着的亚当和夏娃——寻找一个新的世界。

在播放制作人员名单期间，辅助机042和153发现2B、9S和A2的数据仍然完好无损，与玩家对话。如果玩家同意删除数据，会触发第五个结局：辅助机042和153恢复了他们的记忆和躯体。尽管三个人可能会重复这一切，但辅助机坚信他们会有崭新的未来。

扩展资料：

《尼尔：机械纪元》剧情简介——

故事讲述遥远的未来，在被摧毁的地球上由人类的敌人外星人派来的机械生命体与人类方派出的人造人“尤尔哈”部队进行战斗的故事。外星人突然入侵地球，他们制造了名为“机械生命体”的军队。在外星人势不可挡的力量面前，人类逃往月球。

为了重新夺回地球，人类建立了由“战斗型机器人”所组成的战斗抵抗组织。为了打破战场的僵局，人类设计了“尤尔哈”作战单位——最新型的先进的机器人战士。在一片贫瘠荒凉、渺无人烟的地球上，机械生命体与机器人战士展开了大战，这场战争将会成为打开未知奥秘的关键