那么，这篇寓言的深层寓意是什么呢？这篇寓言的深层寓意在于启发人们不管做什么，都要努力掌握事物的规律性，绝对不能想怎么干，就怎么干，丝毫也不顾及工作对象和研究对象的具体情况，它们有些什么特点，有些什么规律。如果我们的工作对象是生物（动物或植物，如这篇寓言故事中的海鸟），还要进一步了解它们的个性，与同类或不同类的事物，有哪些相同之点和不同之点，它是怎样适应它长期生活的环境的，到了新的环境，该怎样帮助它适应新的环境。如果对于事物的特点和个性以及它过去生活的环境，一点也不了解，就盲目地去想当然地按照自己的意愿和习惯，就不可能把事物处理好。《鲁侯养鸟》寓言故事中，鲁侯的失败，就是一个非常深刻的教训。
最好的寓言往往包含最深层的寓意，也就是具有深刻哲思的寓意。根据当代国家最权威的辞书《辞典》的解释，简明地说：哲学是关于自然界、社会和人类思维及其发展的最一般的规律的学问，都是自己时代精神的精华，是文明生活的灵魂。可以这样概括地说：中国自然界、社会和人类思维及其发展的最一般的学问是儒道互补，儒道互补的精神是我们这个时代的精华，是中华文明的活的灵魂（当然，我们儒道互补中可能渗透和揉入的渣滓是要排除的）。春秋战国时期，道家的主要代表人物是老子和庄子，“无为”和“道法自然”是道家学派的两个最主要的思想。“无为”不是没有作为，而是在了解事物、事件的扎实基础上顺其自然，不要妄为；“道法自然”就是“道” 以自然为最高的、最根本的法则，自然不单指自然界，而是兼指自然如此，自然而然。如果这篇寓言故事中的鲁侯在海鸟的问题上，采取“无为”即“不妄为”的态度，不违反海鸟的习性，不把海鸟迎到鲁国宗庙来款待和供养，而是遵循鸟的习性，让它回归自然，回归大海，把它送到海边，选一个比较开阔又比较安静的环境，把它放到无边无际的天空和海域中去，那它绝不会不吃不喝，两眼昏眩，心里悲伤，熬过了整整三天才死去的。
这篇寓言故事，只是鲁侯养鸟的某些具体内容，故事中的鲁侯，是一个鲁莽愚蠢的国君，按他养鸟的办法是绝对养不好鸟的。庄子写这篇寓言的寓意，绝不在于揭露鲁侯的无知和荒谬。这篇寓言最深层寓意，是通过鲁侯不是“以鸟养养鸟”，而是“以己养养鸟”的失败教训启发人们养鸟要顺乎自然，充分掌握养鸟的特点和规律，才能养好鸟。由养鸟要顺乎自然，推而广之，治民也要顺乎自然，治理老百姓要掌握老百姓的迫切要求和特点、习惯，老百姓被治理得丰衣足食了，反而认为“我们本来就是这样的”，这是道家治民的最大成功，也是这篇寓言的最深层的寓意。
这篇寓言之所以成功，在艺术手法上是庄子对表达寓意有关的细节的功力之深，用笔之勤，如寓言中鲁侯养鸟的方法、食物以至乐章，都写得非常庄重、详尽、具体，把鲁侯的愚蠢荒谬、无知反衬得非常突出；鲁侯采取的这些方法、食物以至乐章，不但不能使海鸟感动，反而直接促使海鸟死亡，那就是庄子笔下的海鸟“眩视忧悲，不敢食一脔，不敢饮一杯，三日而死”。我们说这只鸟是死在愚蠢、荒谬、无知的鲁侯之手，是一点也不为过的。